為因應藥癮愛滋疫情，本署迅速與國際接軌，推動藥癮愛滋減害計畫，截至96年6月7日，全島22縣市已有38家醫療院所提供替代療法服務，且服務機構仍持續增加中，目前規則服藥人數共計3,488人，累計服藥治療人數已達5,256人，服藥人次366,863人日；清潔針具執行點全國佈點率已達846處，每週發出針具達6萬5千支以上，發出保險套達1萬6千個，其中性工作者領取共9千多個。另，分析參與替代療法之藥癮者，男性占85%、女性占15%；年齡分佈以31-40歲占44%為主，其次為21-30歲占25%及41-50歲占25%，51-60歲占5%等，以具工作、生產能力之青壯年族群為主。
國內藥癮愛滋疫情，經積極推動減害計畫後，95年新增愛滋病毒感染人數為2,942例，比94年3,399例，足足少了457例，為20年來愛滋病毒感染者成長趨勢首度反轉，而藥癮者佔所有新通報個案人數比例也由94年的72%降至95年62%、96年（1-4月）45%。另，根據衛生署桃園療養院及嘉南療養院資料顯示，藥癮者參加美沙冬替代療法計畫後，其就業比及月平均收入均有顯著增加，參加治療後在使用海洛因的使用次數及花費方面也有顯著下降。以台南地區統計資料粗估，實施替代療法後之竊盜罪較前一年同期下降11%、搶奪強盜犯罪下降27%，顯示其對改善社會治安之成效；本項計畫推行以來，已對疾病防治、社會治安、個案生活改善，在極短時間內已顯現極為有效之成果，並獲各界高度之肯定。
由於藥癮愛滋減害計畫推動成效與愛滋疫情息息相關，根據衛生署統計，清潔針具執行點及替代療法涵蓋率高的縣市如台南縣及桃園縣等，新增愛滋感染者比率均有明顯下降；但涵蓋率較低的縣市如基隆市愛滋疫情仍持續上升中，故衛生署呼籲不可掉以輕心，將持續加強落實衛教諮商、清潔針具計畫及替代療法等三大重點策略，並積極與法務等單位多方面合作，透過各縣市毒品危害防制中心之運作及地檢署緩起訴方式等，提供藥癮者相關教育諮商、追蹤輔導等服務，並積極轉介接受相關治療，讓藥癮者有一個重新回歸社會及展開新生活的機會。
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