有關醫療發展基金本署經與醫事界充分討論，一致認為醫療發展基金有繼續留存之必要
一、衛生署向來以「健康台灣-許給全民健康安全的人生」作為願景，而且對弱勢者身體健康的關懷與照顧，一直是衛生署施政上的重點。
二、衛生署為促進醫療資源衡發展、健全醫療照護體系，特於81年設置「醫療發展基金」，藉以鼓勵及協助民間於醫療資源缺乏地區設立醫療機構，由本基金補助醫療院所新、擴建之貸款利息，以提高民眾對醫療服務之可近性及可利用性，滿足民眾的醫療需求。截至目前為止，共獎勵醫院214家、診所105家，設置急性一般病床7,508床、慢性病床2,717床、精神病床6,739床、醫院附設護理之家4,652床、醫院附設康復之家256床及腫瘤治療設備3套。
三、另自94年醫療法修正後，除了持續補助已經發生契約履行責任部分之貸款利息外，並基於對弱勢者與偏遠地區民眾之照顧，新增獎勵有關醫療品質提升事項，辦理「小型醫院醫療照護服務品質之提升」及「緊急醫療資源缺乏地區之改善」計畫，協助偏遠地區之小型醫院提升醫療服務品質，提供社區老人之整合性醫療照護服務及鼓勵醫院與診所建立聯合執業之社區照護模式。目前計有16家小型醫院提供約900人次之老人整合性醫療照護服務，5家小型醫院執行與診所聯合執業模式，照護約20,000位家戶會員。另外，並獎勵醫護人員於緊急醫療資源缺乏地區提供假日及夜間之緊急醫療服務，於全國共獎勵19個計畫，每月提供9,000人次之緊急醫療服務，對於提升偏遠地區民眾與觀光風景區遊客必要之緊急醫療服務，及我國之發展觀光遊憩、照顧偏遠地區之民眾身體健康，實有相當大之助益。
爰衛生署相關業務單位經與醫事界充分討論，一致認為醫療發展基金有繼續留存之必要，即依程序函報行政院核備。
四、國庫自96年度起，便未再撥款挹注本基金，另為進行本基金獎勵措施之成效評估，已經於基金內編列預算，做為執行成效稽查與輔導訪視之費用。是以醫療發展基金之使用，不論是用於延續性尚未完成清償之獎勵醫院興設貸款利息補貼，或撥付原健保支出應由公務負擔之費用，或任何相關支出，均由衛生署基於業務需要，主動審慎評估後據以辦理，絕無部分媒體報導之被動作為情事。
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